Bioinf11.doc

Bioinformatyka 2006/07  ćw11 24.05.2007

1.      Dla białka o kodzie 1RGA znajdź:

1. 1. Struktury drugorzędowe
   2. Otoczenie PHE 80 (wszystkie atomy w odległości 4A)
   3. Wiązania wodorowe utworzone przez ARG77
   4. Wszystkie proliny
   5. Długość wiązań wodorowych tworzonych przez ligand z białkiem (wypisz je do pliku)

Stwórz powierzchnię samego białka bez ligandu

2.      Dla białka wiążącego TATA-box (1-AIS) znajdź wiązania wodorowe tylko pomiędzy białkiem a DNA

3.      Posługując się SRS znajdź ludzkie dehydrogenazy alkoholowe. Używając linkowania zobacz, które z nich maja znane struktury. Wybierz jedna z nich i pokaż strukturę charakterystycznego motywu (znajdź go) sekwencji dehydrogenaz. Stwórz reprezentację powierzchni białka (surface) z zaznaczonym na czerwono motywem.

4.      Wybierz dowolną strukturę z PDB. Znajdź dowolny motyw sekwencyjny zwiazany zmodyfikacja posttranslacyjna i sprawdź, czy taka modyfikacja może zajść (czy motyw znajduje się na powierzchni białka)

5.      Używajac kilku serwerów modelujących przez homologię, np. pod adresami

http://www.es.embnet.org/Services/MolBio/Moldy/

http://swissmodel.expasy.org/ ->First Approach Mode

              zbuduj modele struktury białka TBP_SULSH i porównaj je ze sobą (strukturalny alignment można wykonac programem MatchMaker dostępnym z Chimery)

6.      Znajdź sąsiadów strukturalnych białka 2TRX używając SCOP, CATH, CE. Czy struktury znajdowane przez każdy z tych serwerów są zgodne?

7.      Wybierz (ze środka listy znalezionych w CE) jedno z białek i porównaj alignment strukturalny z alignmentem Smitha-Watermanna i Nedkemanna-Wunscha.

8.      Na którym chromosomie występuje ludzki gen kodujący białko BRCA1, a na którym gen kodujący BRCA2? Obejrzyj GO (gene ontology) dla jednego z nich.