Chemsketch.pdf

Wprowadzenie do programu

ACD/ChemSketch

Program ChemSketch służy do rysowania wzorów strukturalnych, obliczania parametrów

molekularnych i tworzenia najróżniejszych rysunków. Program ma następujące możliwości:

W trybie STRCTURE można rysować dowolne wzory strukturalne i obliczać właściwości

cząsteczek.

W trybie DRAW można tworzyć dowolne rysunki.

Dodatkowo można także ze wzorów strukturalnych wyznaczać wzory cząsteczkowe i

obliczać:

• Masę cząsteczkową (formula weight)

• Skład (composition)

• Refrakcję molową (molar refactivity)

• Objętość molową (molar volume)

• Parachorę ─ wielkość empiryczna wprowadzona w 1924 r. przez S. Sudgena,

charakteryzująca budowę cząsteczkowę substancji; dla jednego mola parachora

−

określona jest wzorem:

’ gdzie M – masa cząsteczkowa substancji; σ ─

napięcie powierzchniowe; dc ─ gęstość cieczy, dp ─ gęstość pary. Parachora znajduje

zastosowanie w analizie budowy cząsteczek; porównanie wartości parachory

obliczonej ze wzoru strukturalnego z wynikiem pomiaru doświadczalnego pozwala

rozstrzygnąć, czy wzór ten w istocie odpowiada rzeczywistej budowie danego

związku.

• Współczynnik załamania światła (index of refraction)

• Napięcie powierzchniowe (surface tension)

• Gęstość (density)

• Polaryzowalność (polarizability)

• Masę monoizotopową (monoisotopic mass)

• Masę nominalną (nominal mass)

• Masę średnią (average mass)

Okno programu

Tryby pracy:

Structure - Draw

Cofnij, ponów

Usuń

Szablony

3D Viewer

Przenoszenie,

rotacja, rotacja 3D,

selekcja

Rysowanie normalne,

Rysowanie ciągłe,

Rysowanie łańcuchów

Zmiana pozycji

Ustaw wiązanie poziomo

Ustaw wiązanie pionowo

Układ okresowy

pierwiastków

Clean Structure

Wyczyść strukturę

Optymalizacja

Edit Label

Edytuj etykietę

Tablica

rodników

Rysowanie prostych wzorów strukturalnych

Proste związki nieorganiczne

Przystępując do rysowania wzorów strukturalnych, należy przełączyć program do trybu

Structrure i wybrać narzędzie Draw Normal .

1. Na pasku atomów po lewej stronie wybierz tlen i kliknij na środku ekranu –pojawi się tam

cząsteczka H 2 O.

2. Następnie wybierz siarkę i kliknij obok wody – pojawi się H 2 S:

H 2

3. Połącz obie cząsteczki przeciągając myszką od jednej do drugiej. Otrzymasz:

H SH

4. Wokół siarki umieść 3 kolejne cząsteczki wody i połącz je z atomem siarki:

5. Kliknij w dwa wybrane wiązania S-O:

6. Na koniec kliknij przycisk Clean a potem 3D Optimization . Otrzymasz ostatecznie

cząsteczkę kwasu siarkowego:

7. Możesz teraz tę cząsteczkę obrócić, przesunąć lub powiększyć.

W podobny sposób narysuj cząsteczkę wodorotlenku żelaza(III):

1. Z układu okresowego wybierz atom Fe, umieść go na środku kartki – pojawi się tam jon

Fe 2+ .

2. Na dole paska atomów wybierz ikonę z czerwonym znakiem „+”. Kliknij ponownie atom

żelaza zwiększając w ten sposób ładunek do 3+.

3. Teraz umieść trzy cząsteczki wody wokół jonu żelaza (wybierając atom tlenu) i połącz je

z żelazem. Powstanie cząsteczka Fe(OH) 3 .

4. Na koniec zoptymalizuj strukturę jak w punkcie 6 powyżej. Otrzymasz:

W podobny sposób spróbuj otrzymać wzory innych cząsteczek, np. H 2 O, CO 2 , Al 2 O 3 .

Każdą z cząsteczek możesz obejrzeć w 3D Viewerze .

3D Viewer

Program ChemSketch jest wzbogacony o przeglądarkę trójwymiarową 3D Viewer .

Uruchamia się ją, rozwijając menu ACD / Labs. lub przyciskiem na górnym pasku narzędzi

(patrz rysunek na stronie 3)

Jak widać 3D Viewer posiada własny pasek narzędzi. Jest on bardzo intuicyjny i dobrze

opisany. Poświęć kilka minut i poeksperymentuj klikając kolejne ikonki oraz czytając ich

opisy, aby zapoznać się z możliwościami programu.

Dowolną cząsteczkę (po optymalizacji trójwymiarowej) wystarczy zaznaczyć i przełączyć się

do 3D Viewera aby otrzymać jej model, np. model H 2 SO 4 z pierwszego ćwiczenia:

Plik z chomika:

Inne pliki z tego folderu:

Inne foldery tego chomika: