BIOLOGIA MOLEKULARNA
1.Mamy jednoniciowe z 200 nukleotydami o składzie [%], bufor z Mg, polimerazę DNA, [γ-32P]dATP i pozostałe dNTP. Dysponujemy komplementarnym starterem do 20 reszty matrycy od konca 3. Jaka ilość w nowo zsyntetyzowanej nici DNA będzie mieć znakowany fosfor ?
Odp. 20/200= 1%
2. Jak aktywność posiadaja odwrotna transkryptaza retrowirusy ?
Odp. Polimeraza DNA zależna od RNA i polimeraza DNA zależna od DNA. Hybryd DNA-RNA, hydroliza RNA aktywności RNA-zowej
3.Bakteria hodowano ze źródłem azotu 15N nastepnie przeniesiono do środowiska z 14N , a po jednym pokoleniu znowu do 15N. Jakiego DNA można się spodziewac?
Odp. I 100%ciezkie, II 100% srednie, III 50% srednie, a 50% ciezkie
4. Gdzie znajduje się urydyno-5-fosforan ?
Odp. Nie ma go ani w RNA ani w DNA.
5. Przepływ informacji (zaczynamy od DNA)
Odp. a)Białka … powoduja translacje mRNA
b) tRNA powstaje w wyniku transkrypcji DNA (bo jest kodowany w DNA-bezposresnio z pre-mRNA
c)mRNA organizmow Eukariotycznych nie zawiera intrpnow, a pre-mRNA ma je.
6. Dany jest cDNA i trinukleotyd ATg kodujący ‘start’
AgCCACATAgCgA matryca
TCggTgTATCgCT kodujaca
Która nic jest matrycowa, a która kodujaca ?
Która tworzy przejsciowa hybryde RNA-DNA ? odp. matrycowa-gorna
Jaka sekwencje na powstający transkrypt ? odp. UCgCUAUgUggCU
7. Polimerazy DNA I i DNA III
Usuwaja starter i wypeniala puste miejca – NIE
Wymagaja startera – TAK
Aktywność nukleazowa 5 – 3 NIE
Obie sa w nukleoplazmie – NIE
Uczestnicza w transkrypcji DNA
8. Organizmy z Marsa. Posiadaja tylko 14 aminokwasow kodowanych podobnie jak ziemskie kodon XXXX, gdzie X = A,T. TTTT = stop, TTTA= nie znany kodon
Szukamy nieznanego kodonu.
Odp. Jeśli to kodon stop, to jest to kod uniwersalny NIE
Kod ten może być zdegenerowany jeśli nieznany kodon koduje aminokwas z tabelki
Antykodon komplementarny do ‘stop’ to : TAAA
Gdy nie znamy kodonu to możemy powiedziec czy jest zdegenerowany czy nie NIE
9. Geny u Eukariota
Większość genow jest nieciagla, bo zawiera introny TAK
10. Czy uda nam się przeprowadzic PCR gdy denaturacja w zbyt niskiej temperaturze, hybrydyzacja w zbyt wysokiej?
Odp. NIE
11. Mamy dinukleotyd d(AGCATA) jak go możemy znakowac?
Odp. Trzeba mieć : odpowiedni bufor, kinaze polimerazowa, [γ-32P]dATP
12. Metoda badan Sangera.
Odp. Odcztac od dolu do gory, czyli 5-3. Napisac nic komplementarna=matrycowa i zapisac ja od 5-3.
13. Biochemiczna Kasia chciala zamienic kodon Cys: TGT,TGC na kodon Ala: GCT, GCC, GCA, GCG. Fragment DNA to :
5- CGG CCG GAA TGC GTC GTC CCG -3 kodujaca
3- GCC GGC CTT ACG CAG CAG GGC -5 matrycowa
Odp. wybrac starter hybrydyzujący z matryca zamieniając kodon Cys na Ala
14. Co potrzebujemy do PCR:
Odp. dNTP, startery, polimeraza DNA odporna na temperature, Mg 2+, matryca
15. Ligaza ze zwierzat
Zrodło energii : ATP
Czy bierze udzieal w naprawie DNA: TAK
Czy bierze udzial w syntezie DNA: TAK
Laczenie jednoniciowego DNA w kolo: NIE
Wiazanie fosfodiestrowe 5P 3OH : TAK
Zuzywa 2 wiazanie wysokoenergetyczne : TAK
16. mamy hybryd 19 ° , prawoskretna, waski i gleboki rowek to:
Odp. hybryd DNA-RNA, ssRNA, A-DNA
17. Podjednostka δ
Zdolność inercji transkrypcji w miejscach paromotorowych: TAK
Znajduje się w polimerazie do paromotorowych rejonow RNA: TAK
Oddysocjowuje od enzymu: TAK
Ulatwia terminacja: NIE
18. Ogony poliA
Dolaczone przy udziale ligaz: NIE
Kodowane fragmenty polideoksyadenylanu: NIE
Dodawane przez polimerze poliA: TAK
Zuzywane ATP: TAK
19. Bialka rybosomowe
Powstaja w wyniku translacji rRNA: NIE
rRNA katalityczna i strukturalna funkcja
20. Czy cDNA powstaje w odwrotnej transkryptazie mRNA?
Odp. TAK
21. W mRNA introny sa?
Odp. wycięte
22. Replikaza RNA to
Odp. polimeraza RNA RNA zalezna
23. Czy prymaza syntezuje krotki fragment DNA? NIE
Czy DnaA przylanczaja do „+” superhelikalnego skretu: NIE
24. Naprawa dimeru trinukleotydowego (pirymidynowych?)
25. Rho
Aktywowane przez jednoniciowe RNA
Rozpoznaje sekwencje w matrycy DNA : NIE
Czy dziala helikaza DNA-RNA: TAK
Posiada niekodujace sekwencje
26. Które z następujących zdan okresla podwojna helise DNA typu WC
a) + dwa polinukleotydowe łańcuchy sa zwinieta wokół wspolnej osi
b) – tworzy pary A-C i G-T
c) + helisa ma pelny obrot o 34 st. Bo kazda para obraca się o 36 st. Względem sąsiedniej pary zasady i oddaloneo 3,4 A
d) + puryny i pirymidyny znajduja się w wewnętrznej stronie helisy, a szkielet fosfodiestrowy na zewnatrz
e) + sklad zasad analizowany z DNA wielu organizmow pokazuje ze ilość A i T jest rowne, tak jak ilość G i C
f) – można zmieniac sekwencje w jednej nici niezależnie od drugiej nici
27. a) podwojna nic DNA: sztywny pret, w specyficznej temperaturze pokazuje efekt kiper hroniczny, zawiera rone ilości zasad T i A
b) pojedyncza nic DNA: latwo reaguje z form aldehydem, zawiera rozne ilości G i C
28. polimeraza DNA I wymaga:
Odp. matrycy, dNTP, Mg 2+
29. Transkrypcja to przeply informacji :
Odp. DNA do RNA, RNA do DNA
30. Co jest wymagane do replikacji polimerazy RNA zaleznej od DNA, do produkcji transktyptu RNA:
Odp. ATP, CTP, GTP, UTP, Mg 2+, sekwencja terminalna (koncowa)
31. Jakie funkcje sa charakterystyczne dla tRNA:
Odp. zawiera antykodon,
może być polaczony z aminokwasem wiazaniem estrowym,
oddzialywuje z mRNA na drodze translacji,
może posiadac rozna liczne roznych sekwencji,
sluzy jako polaczenie miedzy mRNA a pojedynczym aminokwasem
32. Które reagenty bedauzyteczne do uwidacznienia fragmentow restrykcyjnych DNA, wyseparowanych i rozdzielonych przez elektroforeze w zelu agarozowym i pozostawione mokre w zelu?
Odp. bromek etydyny
- kiedy such zel to jeszcze: kinaza polinukleotydowa, [α-32P]ATP
33. Chemiczne syntetyzowane oligonukleotydy mogą być użyteczne:
Odp. do syntezy genow,
tworzenia łączników,
wprowadzania mutacji w klon DNA,
jako primer do sekwencjonowania DNA,
jako sonda do hybrydyzacji
34. Wprowadzenie genu w srodek wektora, który zawieraz odporność na antybiotyk to:
a)- prowadzi do przeniesienia odporności lekow
b) + jest nazywane inaktywacja inercyjna
c) + powoduje czułość komorki na antybiotyk
d) + może być uzywany di identyfikacji bakterii zawierających wektor z fragmentem DNA
e) – jest metoda niszczenia patogenicznych bakterii
35. Bardzo dlugi odcinek DNA z genu Eukariota ( > 100 kb)
a) – może być pakowany w fag
b) + może być wydzielana z chromosomow sztucznych drozdzy
c) – musi posiadac konce kohezyjne do klonowanie
d) + może być analizowany przez wędrówkę wzdłuż chromosomu
e) – mogą być wyseparowane przez elektroforeze w zelu polikryloamidowym
36. Technika PCR
a) + wykrywa bardzo male ilości bakterii i wirusow
b)- wprowadzanie normalnych genow do zwierzat posiadających uszkodzony gen
c) + bada DNA w archeologicznych probkach
d)+ monitoruje przebieg chemioterapii pewnych nowotworow
e) + identyfikacja zgodności genetycznych w analizowanych probkach. (test na ojcostwo)
37. A-DNA
Prawoskretna helisa,
Ma strukture podobna do podwojnej helisy RNA
Nici w helisie maja przeciwne zwroty
38. B-DNA
Ma stosunkowo szeroki i gleboki rowek
Ma prawoskretna helise
Ma 10,4 zasad na skret
39. Z-DNA
Fosforany w szkielecie sa zygzakowate
Faworyzuje ujemne superhelisy
40. Ligaza DNA
a) + katalizuje tworzenie się wiazania 3OH i 5P
b) + wymaga kofaktora NAD+ albo ATP zalezne od zrodła enzymu, dostarcza energii do tworzenia wiązań fosfodiestrowych
c) + mechanizm katalizowanej reakcji wymaga utworzenia związania kowalencyjnie enzym-adenylan
d) + katalizuje reakcje przez mechanizm który wymaga aktywacji fosforanem DNA przez formowanie wiazania fosfobezwodnikowego z AMP
e) + wymagana w replikacji DNA naprawy i rekombinacji
41. Topoizimeraza
a) + zmieniaja liczbe miejsc wiążących topoizimerow
b) + przerywaja i powoduja relaksacje wiązań fosfodiestrowych
c) – wymagaja NAD+ jako kofaktora do dostarczenia energii kolistych czasteczek w formy zrelaksowane
d) + tworzy kowalencyjny intermediat z substratem DNA
e) + mogą w szczególnym przypadku używać ATP do tworzenia ujemnej suprhelikalnego DNA z formy rozluźnionej
42. Polimeraza DNA I
Wymagana w naprawie DNA
Wymagana w replikacji
Potrzebuje primera i matrycy
Usuwa primer i wypełnię szczeliny podczas replikacji
43. Polimeraza DNA II
Potrzebuje primera z 3OH wolna i matrycy
Posiada aktywność nukleazowa 3-5
44. Polimeraza DNA III
Tworzy najwięcej DNA podczas replikacji
45. Widelki replikacyjne – miejsce zrelaksowanego DNA
46. oriC - miejsce zrelaksowanego DNA, wiaze bialka dnaA, dnaB, dnaC, jest produktem inicjacji syntezy
47. nic opozniona – jest syntetyzowana nieciagle, kierunek syntezy jest przeciwny do kierunku widelek replikacyjnych
48. nic prowadzaca – jest syntetyzowana ciagle
49. fragmenty Okazaki - sa syntetyzowane ciagle, kierunek syntezy jest przeciwny do kierunku widelek replikacyjnych
50. helikaza DnaB – rozwiązane nici pochodzące z replikacji w powiazaniu z bialkami dnaA i dnaC
51. bialko wiążące pojedyncza nic SSB – stabilizuje rozwiniety DNA
52. gyraza DNA – łagodne dodanie superskretu, hydroliza ATP zmniejsza liczbe oplecen DNA
53. prymasa – polimeraza RNA
54. holoenzym polimerazy DNA III – syntetyzuje większość DNA
55. podjednostka ε polimerazy DNA III – wykonuje ‘czytani i sprawdzanie’ większości syntez DNA
56. polimeraza DNA I - kierunek syntezy jest przeciwny do kierunku widelek replikacyjnych, wypełnię przerwy gdzie RNA wystąpił, zawieraz egzonukleaze 5-3
57. ligaza DNA – laczy konce nici opóźnionej ze soba, wykorzystuje NAD+ do wtorzenia wiązań fosfodiestrowych
58. Mutacje:
5-bromouracyl – tranzycja
2-amonipuryna – tranzycja
Hydroksyamina – jednokierunkowa tranzycja
Akrydyna – inercja lub delecja
Kwas azotowy – tranzycja
Światło ultrafioletowe – blokada replikacji
59. Naprawa DNA uszkodzonego światłem ultrafioletowym
1. uvrABC enzym rozpoznaje uszkodzenia w helisie DNA wywolane dimerem tymidynowym
2. enzym fosforeaktywny absorbuje światło i odcina dimer tymidynowy w celu odtworzenie dwoch sasiednich reszt tyminy
3. uvrABC enzym (egzonulkeaza) hydrolizuje wiazanie fosfodiestrowe
4. polimeraza DNA I wypelnia przerwy wytworzone przez usuniecie oligonukleotydu utrzymuje dimer tymidynowyo 5. ligaza DNA zamyka nowosyttetyzowana nic do nieuszkodzonej DNA utworzyc nienaruszalna molekule.
60. Podjednostki polimerazy RNA :
α wiaze bialko regulatorowe
β wiaze trifosfanow rybonukleotydow
β wiaze matryce DNA
σ odszukuje miejsca promotorowe, pomaga zainicjowac synteze i oddysocjowuje od enzymu
61. Miejsca promotorowe E.coli
a) + mogą wykazywac rozna wydajność transkrypcji
b) + dla wkiekszosci genow zawiera rozne zgodne sekwencje
c) + okresla strone startu dla transkrypcji na matrycy DNA
d) – maja identyczne i określone sekwencje
e) – sa aktywne kiedy G lub C sa zamienione w ich -10 rejon w czasie mutacji (mutacja powoduje utrate aktywności)
f) + te które maja sekwencje prawie zgodne z sekwencjami zgodnymi i sa separowane przez 17 par zasad sa bardzo wydajne
62. Bombel transkrypcyjny
a) + czesc polimeryzacje enzymu
b) – podjednostka σ (utrata tej podjednostki, bo wtedy rdzen silniej się wiaze do matrycy DNA)
c) + w przybliżeniu 17 nukleozydow nici kodującej DNA w formie pojedynczej
d) – w przybliżeniu 12 nukleozydow konce 5 lini wydłużającej się RNA
e) + w przybliżeniu 12 bp helisy DNA-RNA
63. Polimeraza RNA I
Jest zlokalizowana w jąderku
Tworzy prekursory 18s 5,8s 28s rRNA
Syntezuje RNA w kierunku 5-3
Jest zbudowana z kilku podjednostek
64. polimeraza RNA II
Jest zlokalizowana w nukleoplazmie
Tworzy prekursorowi mRNA
Silnie inhibowany przez amanityne
Ma podjednostke z powtarzalna sekwencja aminokwasow regulowana w fosforylacji
65. Polimeraza RNA III
Tworzy prekursorowi tRNA
Tworzy 5s rRNA
66. I grupa splicingowa
Reakcje transestryfikacji zrywania i tworzenia wiązań
Wymaga nukleozyd guanozowy albo nukleotyd
67. II grupa splicingowa
Wymagane wiazanie 2-5 fosfodiestrowe
Spliceosom jest wymagany
Produkt pośredni o kształcie lassa
68. Splicing mRNA
snRNPs sa wymagane
69. Splicing eukariotyczny tRNA
Aktywności ligazy i nukleazy sa potrzebne
II KOLOKWIUM
1.Miejsce wazne w splicingu spliceosomu
Gr 2OH atakuje: NIE
Gr adenylo-2OH atakuje: TAK
E1 tworzy lasso: ...
DWito